Vagabond narra la historia del legendario espadachín Musashi Miyamoto; la figura histórica más importante del Japón en lo que se refiere al dominio de las técnicas de espada y esta como filosofía de vida.
Al comienzo de la historia vemos al protagonista como un violento e iracundo joven llamado Takezo; el cual sobrevive (aún estando del lado perdedor) a una de las batallas más sangrientas de la historia: Sekigahara.
Luego de que su vida da un giro gracias a la intervención de un monje llamado Takuan; el joven Takezo cambia su nombre a Musashi y se embarca en una búsqueda de autosuperación personal que lo llevará a enfrentarse con los más grandes expertos de las artes marciales del país incluyendo a su futuro antagonista. Así poco a poco; con sangre y sudor; va construyendo su propia leyenda; la del verdadero ''vagabundo'' más poderoso de todo Japón.'
