Según cuenta la historia, en el año 2000 un meteorito cayó en la Antártida, devastando gran parte del planeta.
Ahora, en 2015, el mundo apenas está comenzando a reponerse cuando comienzan a atacar unos misteriosos seres, los «Ángeles». Shinji finalmente se animó a manejar el Eva y logró derrotar al Tercer Ángel, aunque no sabe ni recuerda cómo lo hizo. Cuando entra al nuevo colegio, los rumores lo preceden y Shinji debe enfrentarse a la ira de uno de sus compañeros. Poco después, aparece el Cuarto Ángel…
