Cinco prófugos del Ejército del Sur, durante la Guerra de Secesión en los Estados Unidos, huyen en globo. Sin embargo una fuerte tormenta marina los arroja hacia tierras desconocidas, a las que llegan desnudos y sin provisiones. Es una isla deshabitada en la que vivirán durante cuatro años luchando por la subsistencia. Pronto el lector descubrirá que al territorio fantástico de esta isla desconocida acudirán, por el arte de la imaginación de Verne, los personajes de otras dos novelas del autor francés, los hijos del capitán Grant y el capitán Nemo, de Veinte mil leguas de viaje submarino, quienes ayudarán a nuestros cinco aventureros a sobrevivir con éxito y volver al mundo de la civilización. El lector podrá, entonces, resolver los interrogantes acerca de la suerte de los personajes de los dos libros anteriores. La isla misteriosa es la culminación de la trilogía iniciada con Los hijos del Capitán Grant.
